ELCHE. La UMH obtendrá material para destinarlo a la secuenciación de muestras marinas ambientales con el fin de cubrir las necesidades de obtención y análisis de diferentes datos de relevancia científica para su estudio en los laboratorios de del Grupo de Investigación 'Evolutionary Genomics Group' del Departamento de Producción Vegetal y Microbiología de la universidad. Se trata de un material destinado a la investigación "Exploración del genoma flexible de procariotas simplificados mediante metagenómica de tercera generación (Flex3Gen)". A través de una licitación buscan la firma que les surta de este sistema con un presupuesto de 36.300 euros.
Según el pliego de prescripciones técnicas, el equipo investigador necesita recurrir a técnicas de secuenciación masiva contratadas con empresas externas para el proyecto concedido al grupo de investigación del Departamento de Producción Vegetal y Microbiología para el desarrollo y aplicación de los datos obtenidos mediante las nuevas tecnologías de secuenciación, conocidas como secuenciación de tercera generación o secuencias largas, a muestras ambientales.
Se trata de una tecnología que se utiliza de forma amplia para la secuenciación de genomas de cultivos puros, pero su aplicación en muestras ambientale está limitada. El servicio se dividirá en dos lotes, puesto que necesita de dos tipo de maquinaria por la complejidad de las pruebas.
El lote 1 es para el "Servicio de secuenciación 'shotgun metagenomics' de lecturas cortas donde se requiere la generación de librería y secuenciación del ADN de muestra ambiental para obtener en torno a 10 o 20 microgramos de ese ADN. Además, se requiere que la empresa garantice que puede trabajar con tal cantidad. Debido al gran volumen de datos obtenidos por secuenciación, piden que la velocidad mínima de descarga de datos sea de 300 Mbits por segundo.
El segundo lote es para el "Servicio de secuenciación 'shotgun metagenomics' de lecturas largas de alta fidelidad (PacBio Sequel II CCS)". Piden la generación de librería y secuenciación del ADN de muestra ambiental y, al tratarse de muestras ambientales, la cantidad obtenida puede variar significativamente entre muestras. Su estimación es la de obtener en torno a 10 o 20 microgramos. Asimismo, demandan que la empresa garantice que puede trabajar con tal cantidad y valorarán positivamente que se pueda estudiar con una menor cantidad. Antes de la secuenciación se requiere de la selección de fragmentos de un tamaño determinado según la muestra mediante sistema BluePippin y necesitan que que la velocidad mínima de descarga de datos sea de 500 Mbits por segundo.
