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Fisabio lleva secuenciadas casi 4.000 muestras del virus, el 70% de las obtenidas en España

13/10/2020 - 

ALICANTE. Fundación Fisabio ha secuenciado cerca de 4.000 muestras del virus del SARS-CoV-2, lo que representa el 70% de las secuencias de virus obtenidas a nivel nacional. Este número de genomas sitúa a España como el cuarto país del mundo en secuencias aportadas a la red Gisaid (Global Public Sequence Repository).

La secuenciación es clave para el conocimiento de la dispersión de los virus y el desarrollo de fármacos, tratamientos y vacunas. El proyecto de secuenciación, liderado por el investigador del IBV-CSIC Iñaki Comas, se centra en la obtención de secuencias completas del genoma del SARS-CoV-2 y en la recogida de datos epidemiológicos para establecer las rutas de transmisión en varias áreas geográficas y comprender mejor la dinámica del virus.

Esta iniciativa evalúa el impacto de las medidas adoptadas ante la pandemia, analizando el número de infecciones no diagnosticadas, con el objetivo de proporcionar información útil para la vigilancia en los próximos meses. Está coliderada por Fernando González, responsable de la unidad mixta de investigación en infección y salud pública de la fundación y del Laboratorio en Red de Vigilancia de Resistencias a Antimicrobianos de la Comunitat.

En el estudio se obtendrán y analizarán unas 15.000 secuencias completas del genoma del virus, procedentes de más de 30 laboratorios clínicos de microbiología de toda España. Gran parte serán obtenidas por el servicio de secuenciación de Fisabio que coordinan Llúcia Martínez Priego y Giuseppe D'Auria.

La adquisición de un secuenciador 'Illumina NextSeq500' ha permitido pasar de secuenciar 80 genomas bacterianos por semana a 400. En el caso de la secuenciación de SARS-CoV2, actualmente dispone de una capacidad máxima de 1.376 muestras a la semana, cifra que era de 192 antes de la financiación europea.

Laboratorio de emergencia

En los últimos cuatro años, gracias a una acción cofinanciada por la política de cohesión de la UE a través del fondo Feder de desarrollo regional, Fisabio ha destinado más de nueve millones a la mejora de sus infraestructuras en las áreas de secuenciación y bioinformática, deterioro cognitivo, enfermedades raras, laboratorios de seguridad biológica o alimentaria y a la red de biobancos.

Esta inversión resultó útil cuando el coronavirus comenzó a afectar a España y a Europa, ya que de lo contrario no habría podido poner en marcha un laboratorio de diagnóstico de emergencia y de vigilancia del SARS-CoV-2 para ofrecer una respuesta efectiva a la pandemia. También será de relevancia en la vigilancia de otros brotes en la Comunitat en un futuro, augura el director gerente de la fundación, José.

Paralelamente, la Red Valenciana de Biobancos (RVB), gestionada por la fundación y coordinada por Jacobo Martínez, puede beneficiarse de las últimas innovaciones tecnológicas para afrontar los nuevos retos en el campo de los biobancos.

En el marco de la pandemia destaca la obtención de más de 10.000 muestras de sangre periférica, ADN, ARN, plasma, suero, orina o saliv de 7.050 pacientes con Covid-19, clasificados como muy graves, graves leves y asintomáticos.

Durante los últimos seis meses se han cedido muestras a través de la RVB a varios proyectos de investigación, con fines como la caracterización clínica-biológica-molecular de la enfermedad, el desarrollo de técnicas de diagnóstico virológico del SARS-CoV-2, la caracterización del virus y estudios de resistencia antiviral.

Con el apoyo de los fondos de la UE, Fisabio ha creado dos laboratorios de seguridad biológica de nivel 2+ y 3 que han permitido un laboratorio de diagnóstico de respuesta de emergencia ante una pandemia de SARS-CoV-2. Ya ha realizado PCR de detección del nuevo coronavirus en más de 18.000 muestras, lo que ha permitido aliviar el circuito asistencial y realizar cribados en la Comunitat, como en residencias de ancianos o brotes en empresas.

Estos laboratorios han facilitado la implementación de una red de información sobre los microorganismos patógenos identificados en los centros sanitarios valencianos, así como la participación en proyectos europeos dentro del programa de 'Investigación de medicamentos innovadores' en el área de las vacunas de la gripe y en el programa del Consejo Europeo de Investigación de estudios integrales de la tuberculosis.

Hasta la fecha se han procesado más de 4.500 muestras de patógenos como los causantes de la tuberculosis, la gripe, otros virus respiratorios o agentes que se asocian a infecciones nosocomiales resistentes como la Klebsiella pneumoniae.

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